Im Jahr 1929 hatte Heinrich Etterich, der neue Düsseldorfer Hafendirektor, die Idee, eine Ausstellung über den Düsseldorfer Hafen und Handelsplatz zu entwickeln. Damit wollte er den Geschäftspartnern der Häfen die historisch gewachsenen Standortvorteile der Stadt mit ihrer guten Lage am Niederrhein vorführen. Für diese Idee gewinnt er die Leitung des Stadtgeschichtlichen Museums. Zusammen wurde in wenigen Jahren eine neue Sammlung zur Geschichte der Rheinschifffahrt aufgebaut. Sie zählt damit heute zu den ältesten am Rhein.

Dem ersten Ankauf eines Modellschiffes im Oktober 1930 folgten bald zahlreiche neue Objekte, wie Grafiken, Dokumente und vor allem Schiffsmodelle. Ein großer Teil der Ankäufe und Schenkungen wurde von Düsseldorfer und auswärtigen Hafenfirmen getragen. Der ursprüngliche Plan, Düsseldorfer Hafengeschichte am Niederrhein zu präsentieren, weitete sich bald auf die Darstellung der Entwicklung am gesamten Rheinverlauf und seiner Nebenflüsse aus. So konnte der Öffentlichkeit 1936 aus Anlass des Düsseldorfer Hafentags bereits eine Ausstellung im Stadtgeschichtlichen Museum präsentiert werden.

Das rasante Wachsen der Sammlung führte dazu, dass nur ein Jahr später im „Grünen Gewölbe“ des Planetariums, dem Vorläufergebäude der heutigen Tonhalle, das „Schifffahrtmuseum“ eröffnet werden konnte. Zu dieser Zeit besaß das Museum bereits 74 Schiffsmodelle und überraschte bald mit unerwartet vielen Besucher*Innen.
Mit Kriegsbeginn verschwand die Sammlung lange Zeit in Magazinen.

Durch das große Engagement der bisherigen Förderer und Freunde ließen sich ab den 1950er Jahren zumindest einige Sonderausstellungen an verschiedenen Orten in Düsseldorf und Duisburg realisieren.
Die „alten“ Freunde gründeten 1954 unter Vorsitz von Heinrich Etterich nun den „Verein der Freunde und Förderer des Schifffahrtmuseums“ mit dem vorrangigen Ziel, für das Museum wieder ein dauerhaftes Ausstellungsgebäude zu finden.